Școala Doctorală „Dumitru Stăniloae” a Facultății de Teologie Ortodoxă din București se bucură de o tradiție teologică de aproape o sută de ani. Facultatea de Teologie Ortodoxă a Universității din București a acordat primul titlu de doctor în teologie la 11 iulie 1919 doctorandului Vasile G. Ispir, care ulterior a devenit profesor la catedra de Îndrumări misionare și Sectologie. Între anii 1919-1948 au fost proclamați încă 69 de Doctori în teologie. Între 1948-1989 au fost acordate, de asemenea, 59 de titluri de Doctor în teologie. După 1989 numărul doctoranzilor a crescut, astfel că la data de 1 octombrie 2017 erau înscriși 49 de doctoranzi la Școala Doctorală.
Programul actual de studii doctorale al Facultății de Teologie Ortodoxă are o durată de 3 ani și cuprinde două componente: programul de pregătire bazat pe studii universitare avansate (desfășurat în primul semestru) și programul de cercetare științifică finalizat prin teză de doctorat. Cursurile și îndrumarea doctoranzilor sunt realizate de 11 profesori titulari. Specializările oferite de Școala Doctorală sunt în domeniul teologiei biblice, al teologiei istorice și al teologiei sistematice.
Deschiderea, cooperarea și recunoașterea internațională ale Școlii Doctorale a Facultății de Teologie Ortodoxă din București au fost repere importante de-a lungul anilor. În perioada 1948-1981 un număr de 47 doctoranzi străini au urmat cursuri de specializare la Institutul Teologic de Grad Universitar din București, șase dintre aceștia obținând titlul de doctor în teologie.
Programul de studii doctorale și formarea doctoranzilor pentru cercetarea avansată sunt susținute prin sesiuni de comunicări științifice pentru doctoranzi, precum și de conferințe ale unor renumiți cercetători români și străini. Școala Doctorală încurajează și susține doctoranzii să participe la simpozioane și conferințe naționale și internaționale. Începând cu anul universitar 2016/2017, Anuarul Facultății de Teologie Ortodoxă a Universității din București conține o secțiune numită Studia Doctoralia, unde sunt publicate studii ale doctoranzilor în teologie. Doctoranzii Școlii Doctorale de Teologie Ortodoxă pot beneficia, de asemenea, de burse de cercetare și doctorat oferite de Patriarhia Română, precum și de alte instituții laice și ecleziastice din Europa.